有机肥的原料大部分都是废弃物和易腐物质，在有机肥原料储存和发酵阶段很容易产生氨气、硫化氢等有害气体，对人体呼吸、消化、心血管、内分泌及神经系统都会造成不同程度的毒害，某些臭气即使无健康上的危害，也存在对人精神或情绪上的刺激与影响。

目前消除臭气、废气的方法有很多种，如水洗法、化处理法、燃烧法、吸附法、空气稀释法、掩蔽法、臭氧氧化法、等离子体以及生物除臭法等。有机肥厂家生产中利用最多的还是生物除臭法，此方法是利用微生物的活动来分解、转化臭气来达到除臭的目的。此方法投入小、简单易操作。建议有机肥厂家在条件允许的情况下，建设封闭的原料仓库以及发酵车间、二次陈化车间，这样可以减少臭气以及有害气体在转化过程中的外泄。

在厂房选择时，选择远离居民生活区和居民密集活动区域以及居民生活区域的上风口。

有机肥的很多原料都含有大量水分，比如猪粪、牛粪、鸡粪等原料。在原料堆积和发酵的过程中会有废液流出渗入到地下对地下水造成污染，所以在建设厂房的时间需要对原料仓库发酵车间的地面进行水泥硬化和防渗处理。